英国建立首个基因组大数据分析数据门户CyVerse UK

作者: 2017-07-03 16:59 来源:
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     1021日,英国生物技术与生物科学研究理事会(BBSRC)宣布建立首个用于基因组大数据分析的高性能计算机群国际数据门户CyVerse UKCyVerse UK项目获得了BBSRC、英国能源机构(EI)、华威大学、诺丁汉大学和利物浦大学的共同资助[1]

随着高通量技术的发展和廉价数据分析的普及,基因组学正逐步成为一个大数据科学。然而,由于计算资源、合理支撑和技术的缺陷,大量数据无法得到充分利用。因此,科研人员在进行现代科学研究面对大量工具与数据集时,需要能够有效地存储和访问数据、模型和分析工具,能在全球不同位置更方便地开展国际研究项目——这就是CyVerse UK所能提供的帮助。

CyVerse UK由诺维奇科学研究园区科学计算机基础设施的支持团队、亚利桑那大学、德克萨斯先进计算机中心和冷泉港实验室等来自世界各地的硬件和中间件工程师们合作研发,目的是为生命科学研究人员提供一个免费的、大规模的计算机设施和数据存储服务。CyVerse UK目前拥有两个开源应用程序和一个新的虚拟机环境。其中,Gwasser是一种进行单表型全基因组关联统计的通道,Mikado是一种识别来自多个转录基因组组装数据读数的优化设置的Python通道。CyVerse还运用了Polymarker法来帮助科学家开展小麦的高效SNP基因组检测试验,并利用利物浦大学开发的Tuxedo suite优化程序来进行RNA序列分析。CyVerse UK的虚拟平台还可支持后端数据服务和网站托管COPO和大众基因组项目(Grassroots Genomics projects)。            (郑颖)



[1] Earlham Institute launches first CyVerse-UK hub for 'big data' analysis. http://www.bbsrc.ac.uk/news/fundamental-bioscience/2016/161021-pr-earlham-institute-launches-cyverse-uk-hub-big-data-analysis/

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